Penerbangan udara di Halmahera Utara dilayani oleh 2 bandara komersil milik pemerintah dan 1 bandara terbatas milik perusahaan. Arus lalu lintas udara tahun 2018 di bandara Gamar Malamo Galela dilayani 183 kali penerbangan sedangkan di bandara Kuabang Kao dilayani 354 kali penerbangan.